ענף הנינג'ה עוסק בפיתוח יכולות גופניות כמו חיזוק השרירים והגמשתם, סיבולת לב-ריאה, כוח וקואורדינציה, במקביל לפיתוח יכולות חברתיות ואישיות כמו משמעת, כבוד הדדי, שיפור הריכוז וחיזוק הביטחון העצמי. בשיעורים נתאמן על מתקן נינג'ה מקורי של נינג'ה ישראל.